Desde 1997, año en el que se da la primera alternancia en el gobierno de Querétaro, las cámaras empresariales se convirtieron en un semillero de políticos y hasta el momento ya se contabiliza la elección de dos gobernadores, que antes ocuparon la presidencia en este tipo organismos.
La primera alternancia que ocurrió en Querétaro fue en el año de 1997, cuando el Partido Revolucionario Institucional (PRI) dejó por primera ocasión el gobierno estatal en manos del Partido Acción Nacional (PAN).
A finales de 1996, se dio la primera incursión con éxito a la actividad partidista de un empresario que estaba integrado a una cámara, cuando Ignacio Loyola Vera renunció a la presidencia local de la Confederación Patronal de la República Mexicana (Coparmex) para convertirse en candidato a gobernador por el PAN.
Para julio de 1997, en Querétaro se tuvo al primer gobernador en la historia que provenía de una cámara empresarial cuando Ignacio Loyola Vera, quien compitió con las siglas del PAN, y que todavía no contaba con la militancia panista debido a que participó como candidato externo, le ganó la elección constitucional al ex presidente nacional del PRI, Fernando Ortiz Arana.
La llegada del primer gobernante panista en la historia de Querétaro, con perfil profesional, trajo consigo que principalmente dirigentes de diversas cámaras, principalmente de Coparmex, dejaran sus actividades en el sector privado para encontrar acomodo en el sector público y en los partidos políticos, principalmente en Acción Nacional.
Francisco Domínguez Servién, actual gobernador, se desempeñó como presidente de la Unión Ganadera de Querétaro entre 2002 a 2006 y el organismo le sirvió de plataforma para ocupar diversos cargos, entre ellos, diputado federal por el PAN, 2006 a 2009; Presidente Municipal de Querétaro en el trienio 2009-2012, y senador, de 2012 a 2015.
En 2003, el presidente de la Coparmex en el periodo 1999–2000, Renato López Otamendi, encargado de ser el recaudador con los empresarios en la campaña del entonces candidato a gobernador por el PAN, Francisco Garrido Patrón, fue nombrado secretario de Desarrollo Sustentable (Sedesu) y ocupó el cargo durante dicho periodo; también tuvo la aspiración de buscar la alcaldía de Querétaro por Acción Nacional, pero su poco capital político partidista lo dejó en el camino.
Rafael Rodríguez Tolentino, también presidente en la Coparmex entre 1994-1995, hizo una carrera en el PRI, partido que lo hizo regidor del ayuntamiento de Querétaro (2012-2015), en la planilla que encabezó como alcalde Roberto Loyola Vera, —quien se separó meses antes de que concluyera su cargo por competir por la gubernatura—, lo que lo llevo a tener dos interinos, uno de ellos el propio Rodríguez Tolentino que ocupo la alcaldía durante un mes.
Alejandro Espinosa Medina, también presidente de este organismo en 2007–2008, se desempeñó durante casi cinco años como secretario Técnico del gobernador priísta, José Calzada, pero antes, entre 1994 y 1997 fue secretario general de gobierno de la administración que encabezó el priísta Enrique Burgos. En agosto de 2016 fue detenido porque presuntamente hizo uso indebido de documentos.
Tonatiuh Salinas Muñoz fue presidente de Coparmex en el 2000 y posteriormente incursionó en la política partidista y en el sector público, bajo el cobijo de José Calzada Rovirosa, quien durante su gobierno lo nombró primero titular de la Sedesu y después de la Secretaría del Trabajo, además de que fue presidente estatal del PRI y candidato a diputado federal por este partido. Actualmente es director adjunto en Nacional Financiera.
El ex director de la Coparmex Querétaro, Gerardo Romero Altamirano, dejó el cargo en 2014 para asumir la presidencia del Organismo Público Local (OPL) en materia electoral (Instituto Electoral del Estado de Querétaro).
Al presidente actual de Corregidora, Mauricio Kuri González, —una de las cartas que se manejan en el PAN para llegar al Senado— ocupó en 2005 la dirigencia de la Cámara Nacional de Comercio (Canaco) y entre 2013-2014 fue presidente de la Coparmex.
El presidente de la Cámara Nacional de Comercio (Canaco) en el año 1998, Ricardo Alegre, fue dos veces secretario de la Sedesu municipal en la ciudad de Querétaro, la primera de ellas en el 2001, la segunda, de 2006 a 2009 y diputado federal por el PAN en 2003; en 2012, delegado de Fovissste y en la actualidad se desempeña como delegado de Infonavit.
