Los 26 trabajadores que fueron dados de baja de la Preparatoria San Juan en el 2007 cuando fue incorporada como la escuela de Bachilleres de la Universidad Autónoma de Querétaro (UAQ), fueron indemnizados con el pago de 4 millones de pesos, luego de ganar la demanda por despido injustificado. Para ello la Universidad Autónoma de Querétaro y el municipio de San Juan del Río signaron el convenio y entregaron los cheques a los 26 ex trabajadores de la institución educativa. Los afectados presentaron en su momento una demanda laboral y de acuerdo al laudo a su favor, el municipio y la UAQ debían pagar un monto de 9 millones de pesos, por indemnización y pago de salarios caídos. Los ex trabajadores, principalmente docentes, aseguraban que además del pago a salarios, la Universidad Autónoma de Querétaro estaba obligada a reinstalarlos en sus puestos laborales. Sin embargo el abogado general de la UAQ, Oscar Guerra, apuntó que la institución no estaba en condiciones de abrir nuevas plazas y agremiar a estos ex trabajadores a la universidad, por ello se buscó el acuerdo con los afectados para presentar la solución que conviniera a ambas partes. Fue así como se acordó pagar a los ex docentes un monto de 4 millones de pesos, a manera de indemnización y dar solución a este conflicto de más de 5 años. Los interesados recibieron el cheque por parte de las autoridades municipales. En el año 2007 los empleados de la Preparatoria San Juan fueron dados de baja de la institución, la cual fue incorporada definitivamente a la UAQ por parte del gobierno municipal del panista Jorge Rivadeneyra; en ese entonces, el municipio estaba a cargo del pago a los docentes y tras su despido, fue que decidieron demandar a la administración. Los empleados decidieron interponer una demanda laboral que ganaron al municipio, por lo que se ordenó a la administración del priísta, Gustavo Nieto Chávez proceder a su reinstalación, sin embargo el fallo nunca fue cumplido. Al inicio de la administración del también priísta, Fabián Pineda Morales, los empleados acudieron a las oficinas municipales a protestar y exigir una solución al problema. Al hablar del tema el alcalde Fabián Pineda Morales explicó que fueron 2 millones de pesos los que aportó el municipio y otros 2 millones la universidad, con lo que se dio cumplimiento a los acuerdos con los afectados. Fue mediante el diálogo con representantes legales de la UAQ que el gobierno municipal de Pineda Morales logró su apoyo para reunir el recurso y poder pagar par5te del recurso que se debía por indemnización y salarios caídos. Pineda Morales aseguró que los ex trabajadores estuvieron de acuerdo con recibir 4 millones de pesos y con ello solucionar el conflicto legal mantenido desde hace dos administraciones municipales
