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En los últimos 19 años el número de fuerzas políticas que participan en las contiendas electorales en Querétaro han aumentado, sin embargo, no han tenido trascendencia e incluso tras las elecciones llegan a perder el registro, de acuerdo con las estadísticas del Instituto Electoral del Estado de Querétaro (IEEQ).
En 1997, cuando fue elegido como gobernador el panista Ignacio Loyola Vera, el Congreso local se conformó por nueve diputados del PRI, 12 del PAN, uno del PRD, uno del Partido Verde Ecologista de México (PVEM), uno del Partido del Trabajo (PT) y otro del Partido Cardenista.
De estas fuerzas políticas, el Cardenista perdió el registro y no se ha vuelto a conceder a ninguna agrupación política local.
Para el año 2000, además de estos partidos se sumaron el Auténtico de la Revolución Mexicana (PARM), que obtuvo los votos suficientes para colocarse como una de las fuerzas plurinominales del Poder Legislativo; el Social Nacionalista (PSN) no ganó ninguna diputación ni alcaldía de las que estuvieron en juego.
En 2003 se eligió como gobernador al panista Francisco Garrido Patrón y en la Quincuagésima Tercera Legislatura estuvieron las mismas fuerzas políticas que habían participado anteriormente, con excepción del PARM. Para esta elección, Querétaro contó con el Partido Convergencia Democrática (PCD) que, a pesar de ser su primera elección, logró un puesto plurinominal en el Congreso.
La siguiente elección, correspondiente a 2006, registró únicamente dos cambios: la creación de Nueva Alianza (Panal), y el cambio de nomenclatura del Partido Convergencia Democrática a Convergencia. En esta contienda el PT y el PSN fueron los derrotados.
Situación similar se registró en 2009, cuando el priísta José Calzada Rovirosa fue elegido como el titular del Poder Ejecutivo. En esta elección no se presentaron cambios, pues el Congreso se conformó con igual número de fuerzas políticas y los partidos que nuevamente no tuvieron representatividad fueron PSN y PT.
Durante 2012, diversos cambios se registraron en el panorama político local, pues desaparecieron el PSN y Convergencia, aunque este último volvió a cambiar su nombre a Partido Movimiento Ciudadano. Durante esta elección el PT fue el único que no ganó alguna diputación o alcaldía.
En la más reciente votación, donde se nombró gobernador al panista Francisco Domínguez Servién, se incrementó el número de partidos políticos en la entidad, todos con representación nacional. Los nuevos partidos fueron Partido Encuentro Social, Partido Humanista y Movimiento Regeneración Nacional (Morena), este último el único que logró una diputación y así se sumó a los partidos que han mantenido predominio en el estado.
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