La noche del 10 de abril de 1992 hizo su debut, en el Auditorio Josefa Ortiz de Domínguez, la Filarmónica del Bajío, bajo la dirección de Sergio Cárdenas. En 1997 Jesús Medina toma la dirección de la orquesta y de 1998 a 2016 es José Guadalupe Flores quien dirige la ahora Orquesta Filarmónica del Estado de Querétaro (OFEQ).
El 24 de noviembre de 2016, la LVIII Legislatura de Querétaro declaró a la OFEQ como Patrimonio Cultural Inmaterial del Estado. Y un año después, el 25 aniversario de la orquesta se vio opacado por la salida obligatoria de Flores.
Luego de más de un año sin titular, la OFEQ presentó en febrero de 2018 a su nuevo líder, el violinista y director Ludwig Carrasco, quien finalizó su ciclo con esta agrupación en diciembre de 2019. Hoy, en medio de la contingencia sanitaria por el Covid-19 y en espera de un nuevo director titular, la OFEQ celebra su aniversario lejos del escenario, en su página de Facebook transmiten conciertos grabados de sus temporadas pasadas, de lunes a viernes, a las 10 de la mañana y a las 8 de la noche.
