La Congregación de Guadalupe es un templo que se construyó en el periodo que va del primero de junio de 1675 al 12 de diciembre de 1680. La generosidad de don Juan Caballero y Ocio permitió terminarlo con ricos adornos, sobre todo los retablos de oro. Es el único templo en la ciudad de Santiago de Querétaro que cuenta con torres gemelas y además es el primero en honor de la virgen de Guadalupe que se erigió después de la Basílica sita en el cerro de El Tepeyac.
En el tiempo que Querétaro fue declarada como capital provisional de la República para debatir la ratificación o no de los ignomiosos tratados de Guadalupe Hidalgo, la Cámara de Senadores se instaló en el edificio anexo de La Congregación, entre 1846 y 1848.
Mucha animadversión existía en Querétaro hacia los liberales porque el robo de los retablos de oro de la iglesia de La Congregación de Guadalupe a manos del general Antonio Carvajal, subordinado del gobernador José María Arteaga, al que sus logros en materia de educación primaria no le ayudaron mucho a la hora que la mochería queretana contó los saldos de la guerra de tres años, además de la iracunda arenga del clero local, considerado de entre lo más retrógrado en la visión europea.
El saqueo de La Congregación resultó uno de los actos más bochornosos que los feligreses de estas tierras han conocido. Sin duda, este era el templo más elegante y ricamente ornamentado que había en la ciudad ¡Inclusive por encima de Santa Clara y Santa Rosa, lo que es decir mucho! El fundador de La Congregación, don Juan Caballero y Ocio, había gastado gran parte de su fortuna en darle un bello y rico tesoro que incluía una custodia de oro, lo mismo que vasos sagrados y dalmáticos y ornamentos de la más alta calidad, que eran fruto de dos siglos de esfuerzo de generosos donantes. El 13 de octubre de 1860 entró a Querétaro el tamaulipeco Antonio Carvajal y mandó echar abajo la puerta de la iglesia robando todas las riquezas y destruyendo lo que no consideraban de valor, balaceando las imágenes y orinando y defecando en las pilas de agua bendita. La población indignada acudió ante el triunfador de la guerra de Reforma, el general Jesús González Ortega, quien ordenó al cabecilla saqueador devolver lo robado, el cual sólo devolvió una mínima parte y a condición de que se le diese recibo íntegro. Los retablos de oro jamás se volvieron a ver y por ello aparece desnudo de sus paredes el templo dedicado a la virgen del Tepeyac.
Miramón realiza a las cinco de la tarde del 11 de marzo de 1867 una de sus audaces correrías hasta La Cañada para perseguir a Carvajal y cobrarle el robo al templo de La Congregación. Dos muertos republicanos, dos caballos, sesenta bueyes, cien cabras, doce mil tortillas y una gran cantidad de maíz fue el botín logrado.
Derrotadas y desalentadas en la batalla por Callejas del 1 de mayo de 1867, vuelven las tropas verdes a la plaza llevando sobre el caballo de Joaquín Rodríguez el cuerpo de éste, el que será inhumado el día 2 a las siete de la mañana en sentida ceremonia que presidió Maximiliano en La Congregación acompañado de los más connotados jefes, con excepción del mórbido Mejía y Miramón que llegó tarde por razones del servicio y porque no se le avisó a tiempo. A las nueve de la mañana, encabezados por el austriaco, partió el cortejo del convento de La Cruz hasta el templo guadalupano, con tambores enlutados y clarines con sordina, cuatro sargentos cargaron el féretro. El archiduque se encuentra muy afligido en el funeral, hasta donde se oye como música lúgubre el cañoneo chinaco, y cuando se carga la caja mortuoria para ser enterrada en el propio templo, derrama muchas lágrimas por el coronel a quien tanto quiso desde Miramar, en aquel lejano 1864; lo mismo hacían los indígenas miembros de la guardia municipal, que dejaban rodar por sus bronceados rostros lágrimas por el jefe caído, y que estaba allí, en el altar mayor del templo guadalupano de Querétaro, con el rostro color cera, tieso y helado. Se retiran los sitiados después de las honras fúnebres en medio de una tristeza generalizada como si presintiesen que algo malo, muy malo, va a ocurrir pronto, habían perdido muchos compañeros el día de ayer, se les mandaba al matadero a diario y no se les pagaba; muchos llegaron a exclamar con despecho que no se volverían a batir. Están en el templo de La Congregación aún los restos de Joaquín Rodríguez.
Los republicanos ocupan el 15 de mayo de 1867 como cuarteles los conventos de San Agustín, Capuchinas, Teresitas, El Carmen y La Congregación.
Durante la toma de la ciudad en 1913 por parte de los carrancistas, La Congregación volvió a sufrir el saqueo y destrucción por parte de éstos, utilizando los vasos sagrados para tomar aguardiente, vestir las ropas sacerdotales como disfraces de baile, defecar y orinar en el altar mayor, practicar sexo en el interior del templo, hacer leña de las bancas para calentar sus vivacs y utilizar el órgano tubular para tocar melodías irreverentes como “La Cucaracha”.
La Congregación fue catedral de Querétaro por un tiempo (de 1883 a 1885 y de 1911 a 1920). Los archivos históricos de La Congregación son un tesoro invaluable, y desde el año 2012 cuenta en su anexo con un Museo Guadalupano organizado por el obispado queretano.
